消泡劑在使用過程中，最好是在發酵進行的前期隨著底料一次性地加入到發酵罐中，并且能在整個發酵過程中拄銅泡沫生成或消除泡沫，這樣有利于防止發酵過程染菌，但是實際情況往往不是這樣，消泡劑會在使用過程失去活性，從而失去控制或消泡的能力，這就需要在使用消泡劑的時候采用多次少量地加入的方法，這樣勢必會增加染菌的機會。過多地使用消泡測也會使pH值降低，使發酵液溶氧能力大幅度下降，這對于好氧型發酵極為不利。

近些年，隨著石油價格的上漲，合成消泡劑成本也有上漲的趨勢。由于這些不利因素的存在，消泡劑的使用在許多場含得到了限制。因此，在使用消泡劑之前，需要作比較實驗，找到合適的消泡劑，以最少的用量和最低的影響來完成控制泡沫的目的。